En 1510 Caltzontzin, rey de los tarascos, les declaró la guerra a varios pueblos vecinos con el propósito de apoderarse de las playas salitrosas de Sayula. Caltzontzin envió dos ejércitos: uno a Tonalá, que derrotó al de la reina Cihuapilli tzintli, y el otro a Sayula que derrotó al tlatoani Cuautoma en Acatlán, quien retiró a Cocollan. El rey de Colima, ayudado por Cuautoma de Sayula; Minotlayoca de Zapotlán; Copaya de Autlán; Tzitlali de Zacoalco; Opochtli de Poncitlán; y otros, derrotó a los tarascos en las playas de Zacoalco en 1510 al mismo tiempo que otro ejército al mando de Coyotl, ayudado por los jefes Atoloch, Pitaloc, Pilili, Totoc y Tepotzin, derrotaban a otro grupo de tarascos en Tlajomulco. Opochtli y Tepotzin eran de Poncitlán.

Terminada la Guerra del Salitre, Opochtli regresó a Poncitlán. Tepotzin, por sus servicios en la guerra se le otorgaron tierras en Tlajomulco las cuales por intrigas o envidias luego le fueron quitadas. Disgustado Tepotzin, con un reducido grupo de personas salió de Tlajomulco hacia el sur, bordeando la laguna de Cajititlán, y tomando rumbo hacia el sureste se establecieron en un paraje conocido ahora como “El Varal”. 

En la orilla del Lago de Chapala, cerca de Jocotepec, hay un pueblo que se llama San Juan Cosalá; este pueblo, allá por 1526, se llamaba Cutzalan y era gobernado por Xitomatl y por otro de nombre Tzacuaco. Por ese tiempo en Cutzalan, había considerable sobrepoblación por lo que, su cacique Xitomatl, durante cinco años estuvo enviando grupos de su gente a establecerse en otros lugares fundando así Tomatlán, Xocotepec, Tzapotitlán, Axixic, Tlayacapan y Chapalac. 

Solo unas dos familias procedentes de Cutzalan se establecieron aquí, al pie del cerro, cerca de un manantial llamado “El Ojo de Agua” a este lugar, hasta 1537, se le conoció como Tepeyamatlaxtzonsintla, “donde el pajarillo canta dulcemente”. 

Fue en 1531 cuando a Cutzalan llegó Fray Martín de Jesús de la Coruña, fue también cuando se hizo la primera fundación del Convento de Axixic. 

A unos cuatro kilómetros al poniente de Ixtlahuacán, al pie del cerro más alto conocido como “El Picacho” existe un lugar llamado “El Varal” por ser un sitio donde abundan “Las Varas”, que son unos palos largos y delgados que anteriormente se utilizaban para hacer tapeixtes, huacales, zarzos, cercos y cabañas. En “El Varal” hay una meseta descubierta y llana donde de 1513 a 1534 habitó un grupo tribal procedente de Tlajomulco. Este grupo era precisamente el de Don Francisco Tepotzin que recién había salido de Tlajomulco. Colindante a “El Varal” existe otro extenso potrero por todos conocido como “La Quebrada”. 

Según la leyenda, allá por 1533, por revelación de su dios, los habitantes de “El Varal” tuvieron conocimiento de que deberían buscar otro lugar para establecerse ya que el lugar donde se encontraban se hundiría y, por lo mismo, ellos morirían si no lo abandonaban. Por esa misma revelación se les hizo saber que deberían subir, en la noche, a una parte alta en la ladera del cerro y que, mirando hacia el oriente, buscarán una luz muy brillante. Que les indicaría precisamente el lugar en donde deberían establecerse. 

Al sur de lo que ahora es Ixtlahuacán existió un manantial conocido como “El Ojo de Agua”. El agua de ese manantial corría hacia abajo, hacia el norte, por lo que en la llanura se formaban extensos charcos. Por las noches, en el agua de esos charcos, desde muy lejos se veía la brillante luz reflejada del lucero de la mañana que viene siendo el planeta Venus. 

Esa brillante luz es la que vieron nuestros antepasados de “El Varal” desde algún lugar de la ladera de la montaña “El Picacho”. Los hasta entonces habitantes de “El Varal” de acuerdo a la señal indicada se trasladaron a lo que ahora es Ixtlahuacán, pero no se establecieron en la llanura, sino que optaron por hacerlo en las cercanías donde brotaba el manantial “El Ojo de Agua” en donde aún existe un, más de cuatro veces centenario, árbol conocido como “Sabino”. 

Años después, efectivamente si hubo un considerable hundimiento, no precisamente en lo que es “El Varal” pero si en las cercanías, en un lugar llamado “Mexiquito” pero actualmente más conocido como “La Quebrada”. En la actualidad aún se nota la depresión del terreno, aunque ya muy disimulada por la tupida vegetación. Al potrero “La Quebrada” le viene el nombre, no por la depresión dejada por elhundimiento del terreno, sino porque años después se construyó una presa cuyo bordo, tiempo después, se rompió. En “El Varal”todavía, de vez en cuando, se encuentran puntas pétreas de flechas y restos o pedazos de otros instrumentos o piezas de cerámica. 

Cuando, después de la Guerra del Salitre, el cacique Don Juan Opochtli regresó de Zacoalco a Poncitlán, coludido con Don Pedro Ponce le causaron problemas, dificultades y disgustos al jefe tecuexe Chapalac. Este fue el motivo por el cual el jefe Chapalac encabezó a un grupo de inconformes y organizó una emigración en busca de nuevas tierras. 

Salieron de Ahuehuetitlán (Poncitlán) y se dirigieron hacia el suroeste. Probablemente durante cinco o seis años permanecieron en el cerro “El Malacate”. En 1537, el jefe Chapalac llegó con su gente al cerro “El Xihuelt” de ahí se dirigió hacia el poniente llegando a Tepeyamatlaxtzonsintla donde encontró a Don Francisco Tepotzin y su gente. 

El jefe tecuexe Chapalac llegó a Tepeyamatlaxtzonsintla con un grupo compuesto de ochenta familias, integradas por 269 personas entre niños y adultos y que, uniéndose a la gente de Don Francisco Tepotzin se asentaron y fundaron definitivamente Ixtlahuacán. 

En la fundación de Ixtlahuacán no intervinieron los españoles. Los primeros habitantes de lo que ya fue Ixtlahuacán cultivaron la tierra, plantaron árboles frutales, trabajaron el barro, la madera y el carrizo, criaron animales y practicaron la cacería. Poco tiempo después el jefe tecuexe Chapalac, quien ya bautizado se llamó Martín, con un reducido grupo de seguidores se separó de Ixtlahuacán y, dirigiéndose primero hacia el oriente y luego hacia el sur, llegaron a lo que ahora es Chapala. 

El agregado “de los Membrillos” que ostenta el nombre de la población, se debe a la gran cantidad de huertas que existían de ese frutal. Se desconoce el decreto por el cual fue erigido en municipio, pero el 27 de marzo de 1824 ya lo menciona como tal; y en el mismo se dispuso que pertenecía al Departamento de Chapala. Desde 1825 perteneció al Tercer Cantón de La Barca hasta 1878 en que pasa a depender de Primer Cantón de Guadalajara; en 1896 fue segregado de éste e incorporado al Departamento de Ocotlán cuando este se creó. A fines de ese año pasaría a formar parte del naciente Séptimo Cantón de Chapala. El 30 de diciembre de 1896 quedó integrado el Séptimo Cantón de Chapala a cuya jurisdicción pertenecía Ixtlahuacán.